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La flora bacteriana (microbiota) es uno de los sistemas más complejos e importantes del organismo por su influencia en el sistema inmunitario.
En el intestino existirían diez veces más bacterias que células, y en ese medio anaeróbico, sin oxígeno, el sistema inmunitario aceptaría las bacterias benéficas o lactobacilos como parte de las células.
A través de la Metagenómica se estudian los genes y las secuencias de la comunidad de microorganismos, y se analiza el material genético de toda la muestra sin necesidad de aislar o cultivar cada uno de los organismos presentes en ella.
En estos estudios se identificaron dos grupos de genes, los requeridos por todas las bacterias para vivir y los específicos para habitar el intestino; también genes del metabolismo secundario que producen enzimas para degradar fibras y otros hidratos de carbono complejos presentes en frutas y verduras, y que el organismo es incapaz de metabolizar.
Estos microorganismos producen compuestos importantes como ácido acético, propílico o butírico, llamados ácidos grasos de cadena media, fuente energética para células epiteliales del colon, células musculares, cerebrales y cardíacas, y las del propio tracto gastrointestinal. Ayudan a la absorción de minerales nutricionales esenciales como calcio, magnesio, hierro y ácidos orgánicos, en particular el butirato que es materia prima que facilita la síntesis de aminoácidos indispensables, y vitaminas, en particular la vitamina K.
El proceso de fermentación, al producir ácido láctico y diferentes ácidos grasos, disminuye el pH del colon y evita la proliferación de especies lesivas de bacterias, y su migración a otros tejidos. El pH también contribuye a eliminar sustancias cancerígenas.
Las bacterias son la clave para promover el estímulo del sistema inmunitario de la mucosa intestinal.
El sistema inmune reconoce y combate las bacterias patogénicas y respeta las beneficiosas.